El territorio en el que se encuentra Arica ha estado poblado constantemente por más de 11.000 años. Fue ocupado por diversos pueblos entre los que destaca los camanchacos y los chinchorro, uno de los primeros pueblos con comunidad aldeana, que realizó rituales mortuorios a todos sus miembros, efectuando para ello la momificación.

La región fue dominada por los Tiwanaku entre el siglo IV y el siglo IX quienes formaron un caserío al que llamaron Ariacca o Ariaka o Ariqui. Este nombre de origen aymara significa, según Rómulo Cúneo Vidal, Ari (peñón) Iqui (lugar de dormir) - Peñón dormidero (de aves); según Manuel A. Quiroga, Ari (filo) Aka (punta) - Punta cortante; y según Carlos Auza Arce, Ari (cerro) Acca (vecino) - Lugar junto al morro. La zona fue dominada por los Señores Regionales (especie de cacicazgos feudales) entre el siglo XI y 1473, y posteriormente por los quechuas (Incas del Cuzco).
Fue ocupada por los españoles en 1536 y fundada por Lucas Martínez Vegaso como villa del Virreinato del Perú. El acta de fundación consigna el día 25 de abril de 1541 como el día de su fundación; día en que el santoral católico se conmemora a San Marcos Evangelista.
Su desarrollo fue precario hasta 1545, fecha en que el indígena Diego Huallpa descubre en Potosí las más enormes y ricas minas de plata del Nuevo Mundo, lo que transformó esa lejana localidad del Alto Perú en la ciudad más poblada del continente, mientras Arica se convierte en el principal puerto para la salida de la plata.
Gracias a los embarques de la plata de Potosí, la Corona Española le otorga el Título de Ciudad, pasando a llamarse "La Muy Ilustre y Real Ciudad de San Marcos de Arica", en el año 1570, bajo el reinado de Felipe II mostrando en su escudo de armas el cerro Rico de Potosí.
En 1612 se publica en Holanda cien mapas de la Tierra, mostrándose a Arica en uno de ellos, como el pueblo más meridional conocido, lo que hizo conocido al puerto entre los piratas. Dada la importancia del puerto de Arica, fue visitada por piratas como Francis Drake, Thomas Cavendish, Richard Hawkins, Joris van Spilbergen, Watling, Simón de Cordes, Leandro de Valencia, Sharp, Dampier, Clipperton.
Con el devenir de las Guerras de independencia hispanoamericana se convierte en uno de los principales focos emancipadores del Perú siendo proclamada su independencia el 28 de julio de 1821 y el ariqueño Hipólito Unanue Presidente del Consejo de Gobierno en 1827. La Constitución peruana de 1823 designa a la Provincia de Arica como parte del Departamento de Arequipa. Bajo la Provincia de Arica se encontraban Tacna y San Lorenzo de Tarapacá. Durante la Guerra Civil de 1844, Arica se declaró vivanquista a diferencia de Tacna y Tarapacá que apoyaron el constitucionalismo.
El ferrocarril llegó a Arica en 1855, durante el gobierno del Presidente Ramón Castilla, natural de Tarapacá, cuando en fecha de navidad el primer convoy une las ciudades de Arica y Tacna convirtiéndose en el tercer ferrocarril más antiguo de América y en el más antiguo actualmente en funciones.
En 1868, la ciudad fue prácticamente destruida en su totalidad por un terremoto de 8,5 grados de magnitud aproximadamente y posterior maremoto de olas de 7 a 10 metros. El fenómeno se repite nuevamente, esta vez con epicentro en las costas cercanas a Iquique en 1877; esto no hace desmerecer la destrucción dejada en esta ciudad por la sacudida como por las olas que llegaron hasta los 14 metros en esta ocasión.
En 1879 Chile le declaró la guerra al Perú y Bolivia y este puerto fue escenario del Combate naval de Arica y de la Batalla de Arica, llamada también Asalto y Toma del Morro de Arica, el 7 de junio de 1880. Después del Tratado de Ancón la ciudad pasó formalmente a administración chilena por diez años. Un plebiscito definiría su pertenencia junto a Tacna a Chile o el Perú. Este plebiscito no se realizó, sino que se firmó el Tratado de Lima en 1929 que fijó la pertenencia de la Provincia de Arica a Chile.
Para la revolución de 1891, Arica se encontraba defendida por el batallón Quillota, el resto de las fuerzas de gobierno se movilizaron hasta Zapiga al mando del coronel Eulogio Robles Pinochet. Las tropas fijan en Pozo Almonte su cuartel general, se enfrentan a las fuerzas congresistas, en la batalla muere el coronel Robles el 7 de marzo y los sobrevivientes más el 5to de Línea (100 soldados) se dirigen de vuelta a Arica. En esta acción son derrotadas las fuerzas de gobierno, así las fuerzas congresistas dominan el norte de Chile.
En 1958, bajo el gobierno del presidente Carlos Ibáñez del Campo, se decreta la creación del Puerto Libre, el plan de industrialización y la creación de la Junta de Adelanto de Arica, los resultados de este periodo aún se pueden ver en la ciudad, en distintas obras de ingeniería y planificación de la ciudad.
Luego de la terminación de estas, con la llegada del Régimen Militar a comienzos de los años setentas, la ciudad comienza a caer en un letargo de la que no se despertará; situada entre dos zonas francas que corresponden a la de Iquique y la de Tacna, la economía local se basa prácticamente en servicios terciarios, como el transporte público y el comercio minoritarios, con la instalación de ferias.
El día 21 de octubre de 2006, el presidente Ricardo Lagos Escobar, en un acto a las afueras del terminal aéreo de la ciudad, firma el proyecto de ley que creará la Región de Arica y Parinacota que tendría a esta ciudad como la capital regional.
El 23 de marzo de 2007, en el parque Benjamín Vicuña Mackenna de la ciudad, la presidenta Michelle Bachelet firma el decreto promulgatorio de la Ley que crea la Región de Arica y Parinacota.
"En el Valle de Azapa a veinticinco días del mes de abril del año del señor de mill e quinientos e cuarenta e uno el muy magnifico señor Lucas Martínez de Begazo capitán por el ilustre señor marqués don Francisco Pizarro gobernador en estas provincias por su magestad, en cumplimiento del mandamiento del ilustrisimo señor Garci Manuel de Carbajal teniente e capitán por orden de dicho gobernador, andúvo e paseó por esta tierra encomendadas a su merced por gracia de su magestad en el veinte e dos de enero del año del señor de mill queinientos e cuarenta por el señor marqués e se infomó del asiento más conveniente e sin menos perjuicio de los naturales; habiéndolo todo visto según dicho es, dixo que en nombre de su Magestad y del dicho señor gobernador don Francisco Pizarro e en su real nombre fundaba e fundo la dicha villa San Marcos de Arica en tierras de dicho casique mentado; dondúe su señoría manda enzima de la barranca en la costa de la mar e del río del dicho valle; e su merced en el dicho nombre puso la cruz en el sitio que viene señalado para la Iglesia en honor del santo evangelista San Marcos por hoi ser su día, e ansimismo puso picota en la plaza de la dicha villa a trescientas varas castellanas del cerro llamado morro e cuatro e cientos e cincuenta dende la costa al valle lo cual por ser más seguro protege de los vientos del sur el dicho morro e de los indios guaneros de la isla nombrada alacran por ser estos de mucho recelo lo que han siempre acostumbrado, que es alzarse, además de tener numerosas vertientes de buena agua, dixo que hazia e hizo en nombre como es dicho e por posesión, e ansi fecho lo susodicho, su merced mandó pregonar y fue pregonando que los vecinos e otras personas quec tienen solares en los altosi en la chimba que son en número treinta i seis en la dicha villa los pueblen cerquen i edifiquen sus casa en ellos dentro de seis meses cumplidos primeros siguientes so a que el señor governador manda i ansi fue pregonado públicamente por voz de Joán de Silva i Soares pregonero público e se mandó a celebrar la Santa Misa el dicho Padre Fray Diego Manso e su merced lo firmo de su nombre siendo testigos Diego de Miranda, Bartolomé Garci i Pérez regidores e Juan Hernandez de Zavala alcalde, Antonio Gomez de Cáceres, Gonzalo Ortiz de Gaete, Pedro de Torres y Ulloa, el Padre Rodrigo Bravo i el Padre Fray Diego Manso e otros muchas personas que estaban e su merced lo firmo como dicho es".
Lucas Martínez de Begazo
Todo lo cual que es, pasó ante mi.
Alonso de Luque escribano público.





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